| Spelare | Mål |
| 1. Djibril Cissé | 23 |
| 2. Kostas Katsouranis | 8 |
| 3. Sebastian Leto | 6 |
| 4. Dimitris Salpigidis | 5 |
| 5. Loukas Vyntra | 4 |
Europa League 2009/2010
| Spelare | Mål |
| 1. Djibrill Cissé | 5 |
| 2. Dimitris Salpigidis | 3 |
| 3. Giorgos Karagounis L.Christodoulopoulos Kostas Katsouranis Ante Rukavina Sotiris Ninis Loukas Vyntra | 1 |
Grekiska Cupen 2009/2010
| Spelare | Mål |
| 1. Ante Rukavina Silva Cleyton Sotiris Ninis | 2 |
| 2. Dimitris Salpigidis Djibril Cissé Sebastian Leto | 1 |
Champions League (kval) 2009/2010
| Spelare | Mål |
| 1. Dimitris Salpigidis | 3 |
| 2. Josu Sarriegi Sebastian Leto Kostas Katsouranis | 1 |
