| Spelare | Mål |
| 1. Dimitris Salpigidis | 14 |
| 2. Dimitris Papadopoulos | 12 |
| 3. Andreas Ivanschitz | 4 |
| 4. Sotiris Ninis Vangelis Mantzios | 3 |
| 5. Thanasis Tsigas Sebastian Romero Alexandros Tziolis | 2 |
UEFA Cupen 2006/2007
| Spelare | Mål |
| 1. Dimitris Salpigidis | 3 |
| 2. Dimitris Papadopoulos Sebastian Romero | 1 |
Grekiska Cupen 2006/2007
| Spelare | Mål |
| 1. Dimitris Salpigidis | 3 |
| 2. Dimitris Papadopoulos | 2 |
| 3. Andreas Ivanschitz Nasief Morris Alexandros Tziolis | 1 |
