| Spelare | Mål |
| 1. Theofanis Gekas | 15 |
| 2. Dimitris Papadopoulos | 10 |
| 3. Vangelis Mantzios | 8 |
| 4. Ezeqiuel Gonzalez | 5 |
| 5. Giannis Goumas | 4 |
Champions League 2005/2006
| Spelare | Mål |
| 1. Emanuel Olisadebe Nasief Moris | 2 |
| 2. Vangelis Mantzios Ilias Kotsios Ezequiel Gonzalez Kostas Charalambidis Dimitris Papadopoulos | 1 |
